El 9 de julio de 1813 los franceses abandonaron Zaragoza. Acabó así la Guerra de la Independencia que había supuesto un grave quebranto para la ciudad, en su población y su urbanismo. De los 47 conventos que albergaba la ciudad 19 quedaron derruidos y 15 habían sufrido graves daños; solo el colegio de los Escolapios presentaba un buen aspecto. A Santa Engracia le tocó la desdicha de ser uno de los más destrozados.
A los pocos meses, el 14 de noviembre de 1813, el alcalde constitucional de la ciudad Vicente del Campo dirigió un llamamiento a los zaragozanos en el que recordaba que “sin más muro que vuestros pechos, sin más recursos que un zelo (sic) inimitable por la libertad, rompisteis las cadenas de la esclava Europa, deshaciendo el fantasma de la invencibilidad francesa” porque les había conducido un motivo elevado, porque lucharon “por vuestro interés por conservar la Religión de vuestros Padres, que trataba de abatir una turba de pretendidos filósofos dedicados a estudiar lo que debían ignorar y a olvidar lo que nunca debían perder de vista”. Por eso había llegado la ocasión de iniciar la reconstrucción “de los preciosos monumentos de la Cruz del Coso y subterráneo delos Santos Mártires” para lo que era preciso que contribuyesen con “brazos, carros, espuertas y demás herramientas y con vuestros intereses a tan dignos objetos”.
El 21 de noviembre se inició el desescombro gracias a la cadena humana formada por más de doscientas personas, con asistencia del Ayuntamiento, bajo la dirección del maestro arquitecto Vicente Gracián. El 15 de diciembre se encontró el sepulcro de santa Engracia y san Lupercio. El 8 de marzo de 1814 se descubrió el pozo de las reliquias. El 14 de agosto de 1814 se puso la primera piedra de la nueva cripta, de cuya obra se encargó el arquitecto José Yarza, que bendijo el obispo de Huesca Eduardo Saenz de Laguardia, acontecimiento que, junto con el traslado de las reliquias de los Mártires efectuado al día siguiente fueron “unas funciones que jamás podrá olvidarlas Zaragoza”.
Las obras duraron hasta 1819, siendo bendecida la cripta (un recinto de planta rectangular de cinco naves, separadas por pilares) el 7 de julio por el mismo prelado, con música y sermón, que predicó el prior jerónimo del monasterio. Al día siguiente por acuerdo del Ayuntamiento y del Cabildo se trasladaron desde la Seo las reliquias de santa Engracia, san Lupercio, san Lamberto y las Santas Masas, con asistencia del arzobispo y de la nobleza, celebrando la misa el canónigo de la Seo Miguel Tolosana y predicando su colega Manuel Oliver. Con esa ocasión el citado Vicente del Campo publicó en la imprenta de Mariano Miedes una Memoria sobre el Santuario de los Innumerables Mártires de Zaragoza: su destrucción, diligencias del Ilmo. Ayuntamiento para la conservación de las principales reliquias y sobre su restablecimiento.
Juan Ramón Royo García